参考答案

(1)甲公司与乙公司签订的是行纪合同。
(2)乙公司主张取得差价款5000元，不符合规定。根据规定，行纪人高于委托人指定的价格卖出或者低于委托人指定的价格买入的，可以按照约定增加报酬。没有约定或者约定不明确，依照相关规定仍不能确定的，该利益属于委托人。题目中，行纪人(乙公司)低于指定价格买入，当事人对于差价款没有约定，依照相关规定仍不能确定的，该利益属于委托人(甲公司)。因此乙公司的主张不符合规定。
(3)乙公司主张甲公司承担4000元费用，不符合规定。根据规定，行纪人处理委托事务支出的费用，由行纪人负担，但当事人另有约定的除外。题目中当事人对于费用的承担没有约定，则由行纪人(乙公司)自己承担。因此乙公司的主张不符合规定。
(4)甲公司要求乙公司承担损害赔偿责任，符合规定。根据规定，行纪人与第三人订立合同的，行纪人对该合同直接享有权利、承担义务。第三人不履行义务致使委托人受到损害的，行纪人应当承担损害赔偿责任，但行纪人与委托人另有约定的除外。题目中，当事人对此没有约定，则第三人不履行义务(即机器存在瑕疵)，由行纪人(乙公司)向委托人(甲公司)承担损害赔偿责任。