参考答案

 （一）检察院不合法的程序：
　　（1）检察院对于国有宏源股份有限公司涉税案件的立案侦查违反有关规定。《最高人民法院、最高人民检察院、公安部、国家安全部、司法部、全国人大法制工作委员会关于{中华人民共和国刑事诉讼法}实施中若干问题的规定}第l条规定，……对于涉税案件由公安机关管辖，公安机关应当立案侦查，人民检察院不再受理。根据上述规定题中检察院对于国有宏源股份有限公司涉税案件的立案侦查违反有关规定。
　　（2）检察院派检察人员直接逮捕犯罪嫌疑人的行为是违法的。《刑事诉讼法》第59条规定，逮捕犯罪嫌疑人、被告人，必须经过人民检察院的批准或者人民法院的决定，由公安机关执行。因此，题中检察院派检察人员直接逮捕犯罪嫌疑人的行为是违法的。
　　（3）检察院要求同时提供5万元保证金和保证人的做法是违背刑事诉讼法的。《刑事诉讼法》第53条规定，人民法院、人民检察院和公安机关决定对犯罪嫌疑人、被告人取保候审，应当责令犯罪嫌疑人、被告人提供保证人或者交纳保证金。《最高人民法院、最高人民检察院、公安部、国家安全部、司法部、全国人大法制工作委员会关于{中华人民共和国刑事诉讼法）实施中若干问题的规定》第21条明确了不能要求同时提供保证人和交纳保证金。题中检察院要求同时提供5万元保证金和保证人的做法是违背刑事诉讼法的。
　　（4）人民检察院在人民法院尚未作出生效的判决就将该冻结的存款上缴国库的做法违反刑事诉讼法及其解释。《最高人民法院关于执行中华人民共和国刑事诉讼法若干问题的解释》第292条规定，人民法院受理案件时，对于侦查机关冻结在金融机构的存款，应当审查是否附有金融机构出具的证明文件原件，人民法院作出生效判决后，通知金融机构上缴国库，同时将判决书送达有关财政机关。……本题中人民检察院在人民法院尚未作出生效的判决就将该冻结的存款上缴国库的做法违反刑事诉讼法及其解释。
　　（5）检察院没有经过原审人民法院直接向上一级人民法院提出抗诉的做法违法。《刑事诉讼法》第85条规定，地方各级人民检察院对同级人民法院的第一审判决、裁定的抗诉，应当通过对原审人民法院提出抗诉书，并且将抗诉书抄送上一级人民检察院。原审人民法院应当将抗诉书连同案卷、证据移送上一级人民法院，并且将抗诉书副本送交当事人。题中检察院没有经过原审人民法院直接向上一级人民法院提出抗诉的做法违法。
　　（二）法院不合法的程序：
　　（1）二审人民法院对于检察院抗诉的案件不开庭审理是违法的。《刑事诉讼法》第187条规定，对人民检察院抗诉的案件，第二审人民法院应当开庭审理。故题中二审人民法院对于检察院抗诉的案件不开庭审理是违法的。
　　（2）二审法院用裁定撤销原判的做法不合刑事诉讼法的规定。《刑事诉讼法》第189条第2项规定，原判事实没有错误，但适用法律有错误或者是量刑不当，应当改判。题中二审法院用裁定撤销原判的做法不合刑事诉讼法的规定。