参考答案

答案要点
（1）某市政府有权做出限行摩托车的规定。根据我国宪法的规定，地方各级人民政府属于地方国家行政机关，具有执行、管理和协调的职能。道路交通及车辆等事项属于行政机关的管理范围。市政府可以根据城市发展的实际情况做出相应的 规定。
（2）公民甲某的行为违反了宪法和集会游行示威法的规定。公民进行集会游行示威等活动必须首先获得当地公安机关 的许可，并按照被许可的事项进行。公民甲某擅自联合群众到市政府门前游行示威，扰乱了正常的工作、生活秩序，属于违法行为，应根据具体情节确定其应当承担的法律责任。
（3）公民甲某对市政府关于限行摩托车的规定有意见，可以向市政府提出批评或建议；也可以直接向该市人民代表大会常务委员会提交书面建议书，行使宪法赋予公民的监督权；还可以向当地公安机关提出申请，经许可后进行游行示威，表达自己的意见。