参考答案

第一种方式：以设备作为投资，房屋由联营企业购进
房屋转让过程中：
印花税：120万元×0.05%=600元
营业税：120万元×5%=60000元
城建税：60000元×7%=4200元
教育费附加：60000元×3%=1800元
土地增值税：税法规定出售旧房及建筑物的，应按评估价格计算扣除项目的金额，扣除项目为200×60%+6.66=126.66万元。上述方式，转让不动产，转让价格为120万，小于扣除项目126.66万元，无增值额，不缴土地增值税。
方案一，合计缴纳税额=600+60000+4200+1800=66600(元)
第二种方式：以房屋作投资，设备由联营企业购进
房产投资共担风险不缴营业税、城建税及教育费附加。以房地产进行投资、联营的，如果投资、联营的一方以土地(房地产)作价入股进行投资或作为联营条件，暂免征收土地增值税。
设备销售：印花税：120万元×0.03%=360元
评估价未超过原值不交增值税。
方案二，合计缴纳税额为360元。
通过比较第二种方式(以房屋作投资，设备由联营企业购进)税负低。