参考答案

（1）根据我国最近制定的相关内部控制原则，可以判断，该公司的内部控制系统在以下几个方面不符合相关规定：
第一，控制环境。控制环境是其他内部控制因素的根基，主要包括人员的道德观和胜任能力、董事会提供的指示和管理的效率。该公司在生产经营的过程中，出现了一种口服药的部分批次所包含的菌群和菌落超出了相关药品安全标准的规定，而且根据投诉员工的说法，公司一向缺乏严谨的工作作风，此次漠视药品安全标准规定只是公司对待类似问题的一个例子，说明该公司某些员工，特别是管理层的人员缺乏基本的道德观和诚信观。同时，在药品生产质量检验部的一名员工向其所在部门的领导反映这一问题时，未得到任何答复，也反映出该公司管理效率的低下。
第二，风险评估，公司对药品出现问题给企业带来的风险重视不够，未能主动对其采取措施，造成员工向媒体投诉，使公司遭受损失。
第三，信息与沟通，有效的沟通应当在企业内部以全方位的方式进行，包括管理者与普通员工的沟通，也包括企业与外部各方的有效沟通。该公司员工在发现问题后向其所在部门的领导进行反映，但并未得到任何答复，说明内部沟通出现了问题。同时，该员工在没有得到答复的情况下，向外部媒体投诉，表明该公司对外沟通的渠道也存在问题。
（2）根据材料可知，甲公司目前面临的风险主要包括：
第一、法律/合规风险，该公司一种口服药的部分批次所包含的菌群和菌落超出了相关药品安全标准的规定。
第二、产品风险，产品质量不过关。
第三、声誉风险，由于产品不符合相关药品安全标准的规定，再加上该名员工在接受媒体采访时指出，甲公司一向缺乏严谨的工作作风，此次漠视药品安全标准规定只是公司对待类似问题的一个例子，会对该公司声誉带来严重的长期影响。
甲公司是拟上市的医药生产公司，该公司的产品对消费者的身心健康至关重要，由于该公司出现的法律/合规风险和产品风险，会导致消费者对该公司产品的不信任。同时，有关的这些事情是由一名员工自己向媒体投诉而暴露出来，表明该公司内部控制及上市的一些规定没有达到要求，从短期来看会影响该公司上市的计划和进程，从长期来看最终会对甲公司的声誉带来负面影响。